Përgjatë viteve të fundit, shpellat kanë qënë gjithashtu ndër habitatet më të kërcënuara dhe më të dëmtuara në vendin tonë. Shumë shpella (kryesisht, ndër më të njohurat) kanë qënë subjekt i abuzimeve të ndryshme, ku karakteristike ka qenë dëmtimi dhe vjedhja e stalaktiteve për qëllime dekorimi etj. Kohëve të fundit është vënë re një interes gjithmonë e në rritje për turizmin e shpellave, aktivitet i cili nëse nuk menaxhohet si duhet mund të ketë gjithashtu impakte domethenëse negative për këto habitate. Bazuar në këtë situatë, PPNEA në kuadër të projektit “Toka e Kështjellave dhe Shqiponjave” ka dhënë një grant që zbatohet nga shoqata “Pisha Flamur” dhe ka për qëllim studimin, përgatitjen e udhëzimeve/strategji për mbrojtjen dhe mirëmenaxhimin afatgjatë të shpellave në zonën me vlera të larta natyrore të gadishullit të Karaburunit. Faza e parë e këtij projekti konsiston në vlerësimin e biodiversitetit dhe vlerave arkeologjike të shepllave të identifikuara në zonë. Pas fazës studimore, do jepen rekomandime të argumentuara se cilat shpella mund të hapen për turistët, dhe një pjesë e këtyre shpellave do të pajisen me infrastrukturën e nevojshme informuese për këtë lloj turizmi.